Unbedenklichkeitsbescheinigungen begegnen dem deutschen Bürger in vielerlei Zusammenhängen. Der Begriff selbst ist nicht in irgendeiner Form geschützt. Sie beizubringen, ist jedoch des Öfteren gesetzlich vorgeschrieben. Auch die Unbedenklichkeitsbescheinigung des Finanzamts geschieht nur aufgrund interner Anweisungen, nicht auf der Grundlage von formellem Recht. Daher unterscheidet sich die Praxis der Finanzbehörden je nach Bundesland.
Eine der häufigsten verlangten Unbedenklichkeitsbescheinigungen des Finanzamts ist die der Freiheit von Steuerrückständen. Sie wird in den meisten Bundesländern mit der Abgabe eines Angebots in einer Ausschreibung öffentlicher Aufträge gefordert. Bayern z. B. verzichtet aber darauf und verlangt lediglich die Angabe der Steuernummer. Bei der Anmeldung eines Gewerbebetriebes muss sie stets vorgelegt werden.
Die Grundbuchämter nehmen die Eintragung eines Eigentumsübergangs erst dann vor, wenn ihnen eine Bescheinigung des Finanzamts zugegangen ist, dass die Grunderwerbssteuer gezahlt worden ist. Für gewöhnlich sorgt der Notar für den entsprechenden Ablauf und der Käufer findet auf der Abrechnung des Notars die Position „Unbedenklichkeitsbescheinigung Finanzamt“ mit einer Weiterbelastung der verauslagten Gebühr (je nach Bundesland verschieden, circa 20 Euro).
Wer ein Darlehen beantragt hat, das mit einer Grundschuld besichert ist, sollte die Grunderwerbssteuer immer sofort nach Erhalt des Bescheides zahlen. Banken stellen die Kreditsumme erst nach Eintragung des Grundpfandes zur Verfügung. Dies wiederum kann erst nach dem Eigentumsübergang geschehen, der seinerseits von der Zahlung der Grunderwerbssteuer abhängt. In den Fällen, in denen keine Grunderwerbssteuer anfällt – bei Verkäufen zwischen Verwandten ersten und zweiten Grades, Erbschaften oder Schenkungen – ist meist auch keine steuerliche Unbedenklichkeitsbescheinigung erforderlich.
Ein Finanzamt kann eine Unbedenklichkeitsbescheinigung trotz gezahlter Grunderwerbssteuer verweigern, wenn sonstige offene Forderungen bestehen.